การทำสมาธิ ถือเป็นแนวทางปฏิบัติหลักอย่างหนึ่งของพุทธศาสนาและเป็นสิ่งที่นำความสงบสุขและความสุขมาสู่ทั้งผู้ปฏิบัติธรรมและผู้ที่ไม่ใช่พุทธศาสนิกชน การทำสมาธิแบบซาเซ็นหรือการทำสมาธิแบบนั่งสมาธิเน้นที่ท่าทาง การหายใจ และการมีสติ เมื่อทำเช่นนี้ ร่างกายและจิตใจจะพบกับความเป็นหนึ่งเดียว และด้วยความเงียบสงบของการฝึกปฏิบัติ เราจะมีสติอยู่กับปัจจุบัน ปราศจากสิ่งรบกวน และเปิดรับธรรมชาติที่แท้จริงของการดำรงอยู่

วัดเซ็นโคจิ มอบประสบการณ์อันเป็นเอกลักษณ์ให้กับผู้มาเยือนด้วยการฝึกนั่งสมาธิในบรรยากาศอันศักดิ์สิทธิ์ของวัดที่สำคัญที่สุดแห่งหนึ่งของญี่ปุ่น การทำสมาธิแต่ละครั้งจะมีพระสงฆ์ประจำวัดเป็นผู้นำทาง โดยใช้เวลาอย่างน้อย 30 นาที (เวลาอาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับการนั่งสมาธิแต่ละครั้ง) การได้สัมผัสประสบการณ์ “ซาเซ็น” ที่วัดเซ็นโคจิช่วยให้ผู้มาเยือนได้ไตร่ตรอง สงบสุข และมองเห็นภาพส่วนตัวเกี่ยวกับรากฐานของศาสนาพุทธ